W strukturze Komitetu działa 7 Zespołów kierunkowych w poszczególnych dziedzinach klinicznych, kierowanych przez wybranych członków Komitetu Nauk Klinicznych:

  1. Zespół ds. Nauczania w Dyscyplinach Klinicznych
    Przewodniczący: prof. Piotr Zaborowski
  2. Zespół ds. Telemedycyny
    Przewodniczący: prof. Ryszard Piotrowicz
  3. Zespół ds. Zaburzeń Komunikacyjnych
    Przewodniczacy: prof. Henryk Skarżyński
  4. Zespół ds. Trasplantologii Klinicznej
    Przewodnicząca: prof. Magda Durlik
  5. Zespół ds. Chorób Nikotynozależnych
    Przewodniczący: prof. Ryszarda Chazan
  6. Zespół ds. Problemów Wieku Podeszłego
    Przewodniczący: prof. Michał Myśliwiec
  7. Zespół ds. Prewencji Chorób Układu Sercowo-Naczyniowego
    Przewodniczący: prof. Krzysztof Narkiewicz